Das Museum Nikos Kazantzakis wurde 1983 durch Giorgos Anemogiannis gegründet. Die Absicht des Museumgründers war die Schaffung eines Raumes, in dem die besonderen und zahlreichen Ausstellungsgegenstände, die sich auf den Schriftsteller und Denker Nikos Kazanztakis beziehen, untergebracht werden konnten. Als Vorbilder für das Entwerfen und die Gründung des Nikos Kazanztakis Museum erklärt Giorgos Anemogiannis die gleichwertigen europäischen Museem für Goethe, Viktor Hugo, Voltaire und Andersen. Museen, die ein vollständiges Bild des Schriftstellers verdeutlichen.

Der Raum, der bis damals für Nikos Kazantzakis Interessenten zur Verfügung stand, war ein speziell angefertigter Raum des Historischen Museums Kreta im Haus Kalokerinou. Der Raum wurde auf Wunsch des Schriftstellers selbst aufgebaut, so wie es in seinem Testament stand, das er 1956 aufstellte.

Die Notwendigkeit ein Museum zu erschaffen, welches ausschließlich dem Leben und dem Werk des Schriftstellers gewidmet wäre, führte Giorgos Anemogiannis Myrtia dafür auszuwählen, Kazantzakis väterliches Dorf. Eine zufrieden stellende Lösung, welche die Erinnerung an den Schriftsteller und das Museum vereinte. Im selben Dorf befand sich das Elternahaus von Andonis Anemogiannis, Vater von Giorgos und entfernter Verwandter von Nikos Kazantzakis. Mit finanziellen Beiträgen des Kulturministeriums, Privatleuten und persönlichen Ersparnissen setzte Anemogiannis 1983 den Abriss des alten Gebäudes und die Errichtung moderner Ausstellungsräumen fort.

Die Eröffnungsfeier des Museums fand am 27. Juni 1983 statt.

In 2009 wurde das Museum von Grund auf renoviert und zugleich wurde ein neues, modernes Konzept zur Ausstellung der Sammlungen ausgearbeitet . Das gesamte Projekt trägt den Stempel der folgenden Mitarbeiter die Architekten G. Psomadakis und M. Marinos entwarfen die neue permanente Ausstellung, der Autor D. Kalokoiris übernahm die künstlerische Betreuung und Dr. Litsa Hatzopoulos schrieb und bearbeitete die Texte.

Das Projekt wurde zu 80% durch den Europäischen Fonds für regionale Entwicklung (EFRE) und zu 20% aus nationalen Mitteln finanziert.