Στην κατοχή και κυριότητα του Μουσείου βρίσκεται το Αρχείο Νίκου Καζαντζάκη, του οποίου η συγκρότηση ξεκίνησε από τον ιδρυτή του Μουσείου Γιώργο Ανεμογιάννη, το 1976.

Το 2005, ο Γιώργος Ανεμογιάννης, με ιδιόγραφη διαθήκη, κληροδότησε στο Μουσείο και το προσωπικό του Αρχείο.