Im Juni 1957 verlässt Kazantzakis Antibes und reist mit Eleni und dem Ehepaar Evelpidis nach China, eingeladen von der chinesischen Regierung. Nachdem sie ungefähr für einen Monat umhergereist sind, landen sie mit dem Flugzeug in Kanton und bereiten ihre Rückkehr vor, mit einem Zwischenhalt in Japan.

Kazantzakis wird gegen Windpocken und Cholera geimpft, aber leidet an einer Infektion und wird in das Nationalkrankenhaus von Kopenhagen eingeliefert. Während sich sein Zustand verschlechtert, wird er in die Uniklinik Freiburg verlegt.

Obwohl er die Infektionen übersteht, wird er von der asiatischen Grippe befallen und stirbt am 26. Oktober 1957 in Freiburg. Sein Leichnam wird per Straßenzug von Freiburg nach Athen und mit dem Flugzeug nach Heraklion transportiert, wo er zu einer Volksanbetung in Ag. Minas aufgebahrt wird. Seine Beerdigung findet am 5. November in einem von Menschenmengen überfüllten Heraklion statt. Er wird auf der Martinengo- Bastion begraben.

An seinem Grab dominiert ein großes Holzkreuz aus unverarbeitetem Holz, mit der Inschrift „Ich hoffe nichts, ich fürchte nichts, ich bin frei“.