Während der deutschen Besatzung befindet sich Kazantzakis völlig isoliert und zum größten Teil in Ägina, und beschäftigt sich mit der Synthese von Romanen. 1942 fährt er nach Athen, wo er nach 20 Jahren Sikelianos trifft, und erbittet vom Homerexperten Prof. I. Th. Kakridis Bibliographien, um mit der Übersetzung der Ilias anzufangen.

Nach dem Rückzug der Deutschen, kehrt er in die Hauptstadt zurück und ist von den Bürgeraufständen erschüttert. Er entwickelt sein politisches Engagement und legt seine Kandidatur für die Akademie Athens vor, ein Vorhaben, das wegen zwei Stimmen scheitert, wird aber als Präsident der Gesellschaft Griechischer Literaten gewählt.

Im Sommer 1942 bereist er Kreta, als Mitglied der Regierungskommission für die Feststellung deutscher Kriegsverbrechen. Im November 1945 heiratet er Eleni Samiou und wird als Minister ohne Geschäftsbereich von der Regierung Sofouli eingestellt. Drei Monate später kündigt er aber.

Anfang 1946, schaut er sich die Vorstellung des Stückes Kapodistrias im Königlichen Theater an und wird im Mai zusammen mit Angelos Sikelianos für den Nobelpreis vorgeschlagen.